Genomika i transkryptomika

Treści kształcenia

Wprowadzenie w zagadnienia wielkoskalowych bioinformatycznych analiz sekwencji genomowych i transkryptomów. Strategie sekwencjonowania genomów i transkryptomów. Wielkoskalowe techniki analizy ekspresji genów. Składanie i analiza sekwencji EST, składanie sekwencji genomowych, adnotacje genomów. Identyfikacja genów w sekwencjach genomowych prokariotów i eukariontów. Analiza elementów powtarzalnych. Identyfikacja elementów regulatorowych. Analiza ekspresji genów na podstawie danych z mikromacierzy, EST i SAGE.

Efekty kształcenia - umiejętności i kompetencje

Student zna współczesne strategie analiz wielkoskalowych, rozumie różnice pomiędzy poszczególnymi podejściami badawczymi i zna ich zastosowanie. Student zna narzędzia analizy, ich ograniczenia i potrafi wykonać podstawowe analizy wielkoskalowe ze zrozumieniem poszczególnych kroków. Potrafi także krytycznie ocenić wyniki analiz.