Analiza filogenetyczna

Treści kształcenia

Podstawy teorii analizy filogenetycznej. Podstawowe terminy stosowane w rekonstrukcji filogenii (terminologia dotycząca cech, drzewa filogenetyczne, taksony naturalne i sztuczne). Praktyczne zaprezentowanie procedur stosowanych w rekonstrukcji powiązań filogenetycznych pomiędzy organizmami. Przygotowanie matrycy danych (rodzaje cech, matryc danych, format NEXUS). Koncepcja zegara molekularnego. Etapy komputerowej analizy filogenetycznej (wybór markera, alignment, skonstruowanie matrycy danych, parametry wejściowe, analiza komputerowa, analiza statystyczna uzyskanych wyników) oraz zastosowanie różnych algorytmów (UPGMA, Neighbor-Joining, Maximum Likelihood, Maksymalna Parsymonia, wnioskowanie bayesowskie) i odmiennych rodzajów danych. Podstawowe procedury służące do statystycznego testowania otrzymanych wyników. Procedura total evidence. Podstawy metody kofilogenetycznej dla analizowania współbieżnych zjawisk ewolucyjnych.

Efekty kształcenia - umiejętności i kompetencje

Student potrafi swobodnie poruszać się po literaturze filogenetycznej oraz samodzielnie i odpowiednio aplikuje metodologię filogenetyczną do zaprojektowania własnych badań filogenetycznych lub wymagających filogenetycznego tła. Rozwinięcie umiejętności zastosowania danych molekularnych (sekwencje DNA) w analizach filogenetycznych.