Bioinformatyka sekwencji biologicznych

Treści kształcenia

Bazy danych sekwencji biologicznych. Główne rodzaje i przykłady publicznie dostępnych baz danych sekwencji nukleotydowych i białek. Metody i strategie efektywnego przeszukiwania zasobów baz danych. Formaty rekordów sekwencji biologicznych. Postawy tworzenia i składowania informacji biologicznych. Tworzenie własnych lokalnych repozytoriów danych. Algorytmy i programy służące do dopasowania i porównywania dwóch i wielu sekwencji. Metody wyszukiwania sekwencji homologicznych. Zasady tworzenia i wykorzystanie macierzy punktowania w dopasowaniu sekwencji. Statystyczne aspekty dopasowania sekwencji biologicznych.

Efekty kształcenia - umiejętności i kompetencje

Student potrafi pozyskiwać dane z głównych repozytoriów sekwencji biologicznych. Zna metody, strategie i ograniczenia w zakresie eksploracji danych biologicznych. Zna podstawy działania i stosuje narzędzia bioinformatyczne do przeszukiwania zasobów przy pomocy słów kluczowych oraz sekwencji. Rozpoznaje i przekształca formaty uzyskanych danych. Potrafi zaprojektować i zrealizować lokalne repozytorium sekwencji biologicznych. Zna algorytmy i możliwości programów służących do dopasowania dwóch i wielu sekwencji. Umie zinterpretować znaczenie statystyczne uzyskanych wyników dopasowania sekwencji.